cucumber flesh

Rを中心としたデータ分析・統計解析らへんの話題をしていくだけ

国土地理院の数値標高モデルデータをラスタとしてRで扱う

国土地理院が提供している「基盤地図情報ダウンロードサービス」の中に「数値標高モデル」データがあります。このデータは、標高のメッシュデータです。標高点格子(メッシュサイズ)が5m、10mのものがそれぞれあります。利用登録をすればデータをダウンロー…

名前空間の衝突をconflictedパッケージで防ぐ

R

要約 パッケージを複数利用すると関数名等の衝突が発生し、意図しない振る舞いを取ることがある conflictedパッケージは、こうした衝突を防ぐための機能を提供する 多少の手間を惜しんでも、衝突の恐れのある関数については名前空間を指定することを勧める

ggplot2ベースの図から凡例 (legend) のみ得る方法あれこれ

タイトルに書いたように「凡例だけが描画したい」ことが時々あるかと思います(止むを得ずに凡例の位置が図から分断されてしまうときとか)。そんな時には、ここで紹介する方法を使うと良いです。やり方はいくつかあります。ここではgtableパッケージを使う…

市区町村ポリゴンの中から区だけを結合する

前回の記事で、市区町村に分割されているポリゴンを都道府県単位に結合する処理を紹介しました。 uribo.hatenablog.com 今日はその続編として、今度は区ごとにポリゴンが分かれている「政令指定都市」を一つの市として扱えるようにしてみようと思います。こ…

【備忘録】RユーザのためのDocker環境「Rocker」でパスワードの設定が必要になった

要約 rockerプロジェクトの各種Dockerfileの変更があり、RStudio Serverへはデフォルトのパスワードでのログインができなくなった docker-compose.ymlでは環境変数の設定が可能で、外部ファイル.envにパスワードを記述した

st_union()で埋まらないポリゴンの穴を埋める

sf

追記 (180814) id:yutannihilation さんから、Twitter経由でrmapshaperパッケージのms_dissolve関数を使う方法を教えてもらいました。この方法も簡単です。どうもありがとうございます! rmapshaper::ms_dispolve()とかどうでしょう? あと、list.files()す…

geofacetで日本のデータが利用可能になりました

もう数ヶ月も前の話ですが、CRANに登録されているgeofacetパッケージが更新されて、バージョンが0.1.9となりました。geofacetパッケージは、ggplot2ベースの作図パッケージの一種ですが、グラフを地理的な空間関係と対応付けて描画するという特徴があります…

ggplot2のsizeが意味するもの

付け焼き刃な知識故に、間違いございましたら指摘頂けますと幸いです。 ggplot2を使っていると、数種類の“size”を設定するタイミングがある。例えば、geom_point()で散布図を描画する際のポイントの大きさを指定するためのsize、または連続した線を描画する…

地物範囲のタイル座標を得る

id:yutannihilationさんが、ggplot2::geom_sf()にOpen Street Map (OSM)のタイルを重ねるという面白い試みをしています。 yutani.rbind.io OSMでは、画像データとして地図画像を配信していて、次のようなURLで参照されます。 http://[abc].tile.openstreetma…

sfオブジェクトを描画する方法まとめ: ggplot2::geom_sf()もあるよ

Rの作図パッケージとして人気なggplot2の時期バージョンの2.3.0が間も無くリリースされるそうです。ggplot2は前回の更新が2016年12月末のバージョン2.2.1なので、久しぶりのバージョンアップとなります。 バージョンアップに伴う変更点はこのページを見て欲…

何気ない関数・演算子の導入がプロジェクトを傷つけた

ちょっと前の話。私が手を加えたコードが動かないという相談を受けた。早速手元で試してみたが自分の環境では再現できている。確認のために再実行してもらうと確かに結果が違うようだ。なぜだろう。結論を書いてしまうと、問題は %<>% 演算子にあった。 %<>%…

質問お待ちしております!できればreprex使ってね 😸

最近、チームで分析プロジェクトを進行していることもあり、人のコードをみてコメントしたり、自分もみてもらう、というやりとりが増えてきました。メンバーの中で私は、どちらかといえば「R言語チョットデキル」人間で、時々発生するトラブルや質問について…

最近お気に入りのRStudio(ver.1.1.423)の機能: ファイル内検索とTODOハイライト

先日、RStudioのバージョン1.1.423がリリースされました。 RStudioの通常版がいつの間にかv1.1.423にマイナーアプデしてたhttps://t.co/AeyDCsOp5l— kazutan v3.4.3 (@kazutan) 2018年2月13日 v1.1からの更新内容については先日開催されたrstudio::conf 2018…

RStanのおさらいをしながら読む 岩波DS1 (ややアップデートした2018年版)

最近、以前書いた岩波DSの久保さんパートのおさらい記事を久保さん本人がRTしていたのを見て(ああ、あの頃はまだ大学院生をやっていたのだと懐かしくなったと同時に)、移り変わりのあるRコードは今も動くのか心配になった。結論を先に言うと、RPubsに書い…

hereパッケージの導入でファイル参照のパス問題の悩みを解消

去年から気になっていたものの、その利点や使い道について理解できていなかったhereパッケージ、ようやくにして少しわかった気がする。今は声を大にして言える。hereは良いぞ。hereをプロジェクトに導入することで、これまでにあったWindows - macOS間でのパ…

Rから離れたくない人向けのDocker環境の操作: RStudio Serverを分析・開発の基盤にするために

この記事はRStudioアドベントカレンダーの21日目の記事です。もうすぐこのアドベントカレンダーも終わりですね。ハヤイ! 今年のはじめにこんな記事を書きました。 uribo.hatenablog.com 皆さんはDockerを利用していますでしょうか。今年のデータ分析系のア…

2017年度版 RStudioを使ったReproducible Research、補足ポエム

この記事はRStudioアドベントカレンダーの10日目の投稿の補足です。私ももう、ゴールしても良いよね、という気になってきました(注)。本体は以前書いた記事で申し訳ないのですが、 qiita.com になります。古くなったので刷新し、追記をしました。 RによるRep…

中級者向けggplot2でこんな図が描きたい - 地図編

どーも。ggplot2は空手の一種として知られているので(要出典)普段の稽古が欠かせまん。今年を振り返り、ggplot2での作図について、いくつかの知見を共有します(書いている余裕がなかったんや...) library(magrittr) library(jpndistrict) ## Loading req…

本日発表!ほくぽえむ大賞2017 俳句の部

ホクソエムといえばポエムです(要出典)。今日はTwitterでのホクソエム氏の投稿から、俳句を探してこようと思います。そして、今年のベスト俳句を独断と偏見により決めます。戦略としては、Twitterから投稿を取得、日本語形態素解析システム JUMAN++により…

ある日tidyと一緒に: tidyverseは厳しいがとても優しい

この記事はtidyポエムAdvent Calendarの4日目の記事となります。タイトルは釣りです。釣られた人は乙でした。 本当のタイトルは「tidyverseは厳しいがとても優しい」です。某ホクソエム氏のようです(個人の意見です)。 uribo.hatenablog.com tidyverseな世…

私とホクソエム

この記事は「HOXO-M Advent Calendar 2017」の2日めです。昨日は id:yutannihilationさんの「出ない順ホクソエム語彙集(その1)」でした。ホクソエムってなんなんでしょうね笑 さて、2日目は私が担当します。それでは聞いてください「私とホクソエム」。 現…

macOS (High Sierra)で利用しているRからタイムゾーンの警告がでる件とその対策

タイトルの通り、macOSを使っている皆さん、こんな警告を見たことはないだろうか。 lubridate::today() # [1] "2017-11-30" Warning message: In as.POSIXlt.POSIXct(x) : unknown timezone 'zone/tz/2017c.1.0/zoneinfo/Asia/Tokyo' なにやらタイムゾーンで…

熱いプルリクエストをお待ちしております

今日の話。先日CRANにあげたパッケージに早速バグが見つかって、ちょっと直していた。直していると人間不思議なもので、余計な機能改善までしたくなってしまう。それで罠にはまった、という失敗談。 ...失敗談でもあるのだけど、罠にはまっていたところ r-wa…

標準地域メッシュを扱うRパッケージを更新しました: jpmesh v.1.0.0

ここでさりげなく触れたのですが、jpmeshという、国勢調査などの統計調査に用いる標準地域メッシュをRで扱うためのパッケージを更新し、CRANにリリースしました。これまで対応していたメッシュのスケールをより細かくし、125mメッシュまでを扱えるようになり…

自分のRパッケージページにORCIDを表示させる

Rのパッケージについて、CRANでその情報を見る際、Authorの欄にORCIDを埋め込めるという話。 RのパッケージはAuthor欄にORCIDを埋め込めるって知ってました? 例:https://t.co/mDCdLxJZOw — Hiroaki Yutani (@yutannihilation) November 16, 2017 これにつ…

Rで名刺 ggplot2編

新しい職場で名刺を作る機会があったので、Rで作ることにしました。 Rで名刺を作成するというマニアックな知見は以前からありますが、これらはいずれも標準の作図機能を利用しているもので、せっかくなのでggplot2で作れないかと試行錯誤しました。 松村俊和…

hex mapの決定版になりそうなhexmapr

以前、このような記事を書きました。 uribo.hatenablog.com ここに書いた通り、私は簡単に六角形の地図を描画できるパッケージを探しています。 今回紹介するのは、前回のhexamapmakerとは別の方法で六角形を作るhexmaprパッケージです。geospatial polygons…

転職・転居しました: 大学→企業→研究機関

初めての転職 & 引越しエントリー 要約 10月末をもって株式会社ナイトレイを退職しました。また、次の職場となる国立環境研究所への勤務のために茨城県つくば市へ引越しを行いました。生態系サービスの評価や生物多様性の保全に関する実証研究の技術的補佐を…

世界を六角形で表したい

これはなんでしょう。 そう、日本ですね。正しくは日本列島を簡略化し、各都道府県を六角形 (hexagons) で表現した図です。日本列島がおさまってしまうネタ画像が出回るほどに面積の大きな北海道が他の都道府県と同じサイズで小さくなってしまっていたり、現…

地名情報を地図に反映させる

Google MapsやOpenStreetMapに慣れてくると、地名や地物のラベルが地図上に表示されていることに違和感がなくなり、感謝の気持ちが薄れてしまうなと感じる今日この頃です。みなさまいかがお過ごしでしょうか。 今日は、ラベルつきの地図への感謝の気持ちを思…